Hoàn toàn không giống như các phương pháp trước, phương pháp giá vốn cộng thêm xác định căn bản giá thị trường của các chuyển giao liên kết căn cứ vào tổng giá vốn của chuyển giao giá gốc trong hoạt động thương mại được điều chỉnh bổ sung một khoản nâng giá lợi nhuận thương mại, có tính tới sự tác động của các loại tài sản và các rủi ro có liên quan.
Một điểm thuận lợi của phương pháp này là khi xác định khoản nâng giá áp dụng trong trường hợp sản xuất theo hợp đồng thì điều quan trọng cần nhấn mạnh trong hình thức chuyển giao theo các hợp đồng chuyển giao có thể so sánh được không cần phải có sự tương tự như các hàng hóa chuyển giao trong nội bộ công ty. Đối với phương pháp này, việc xác định phần lợi nhuận tăng thêm bao nhiêu là hợp lý là vô cùng quan trọng. Phần lợi nhuận nâng thêm này bị ảnh hưởng bởi các yếu tố sau:
- Nếu công ty này chỉ sản xuất và thực hiện mua bán theo hợp đồng cho chỉ mỗi công ty mẹ và không gia công cho bất cứ công ty nào khác thì phần lợi nhuận tăng thêm này sẽ được tính theo một tỷ lệ trên giá vốn sao cho hợp lý, tức là phần lợi nhuận nâng thêm phải dựa trên cơ sở của loại hình hoạt động của một công ty độc lập khác trên thị trường.
- Nếu công ty này sản xuất ra sản phẩm và bán theo các hợp đồng cho công ty mẹ và bán theo hợp đồng cho các công ty độc lập khác thì tỷ lệ lợi nhuận tăng thêm ( phần lợi nhuận tăng thêm) cần phải được tính toán và phân bỏ theo tỷ lệ tổng vốn tham gia vào quá trình sản xuất ra sản phẩm. Ngoài ra cần phải đối chiếu so sánh giá cả hàng hóa dịch vụ trong nghiệp vụ mua bán nội bộ và nghiệp vụ mua bán với công ty độc lập.
- Ngoài ra còn các yếu tố như chức năng hoạt động của cơ sở kinh doanh sẽ kéo theo một số các chi phí kèm theo sẽ ảnh hưởng đến tỷ lệ lãi gộp (ví dụ như công ty sản xuất theo hợp đồng, nghiên cứu, phát triển, tỷ trọng gia tăng giá trị của sản phẩm so với quy mô đầu tư kinh doanh).
- Các nghĩa vụ thực hiện hợp đồng như các ràng buộc giao hàng về thời gian, số lượng và chất lượng sản phẩm, lưu kho, lưu bãi, điều khoản thanh toán công nợ, chiết khấu.
Ví dụ: Năm 1995, một công ty kinh doanh ngành giày dép của Singapore có đầu tư vào Việt Nam thành lập một công ty con để thực hiện việc chuyên gia công theo các đơn đặt hàng về làm giầy dép từ công ty mẹ và một vài công ty khác. Trong hợp đồng gia công, công ty mẹ sẽ cung cấp toàn bộ các loại nguyên vật liệu như vải, keo, nhựa, da,... và sản phẩm làm ra sẽ được xuất khẩu toàn bộ về Singapore rồi được tiêu thụ ra ở thị trường cả thế giới. Do công ty mẹ chỉ thực hiện hợp đồng gia công với duy nhất một công ty ở Việt nam nên không thể sử dụng phương pháp CUP để xác định giá chuyển giao. Tuy nhiên chúng ta lại có thể sử dụng các thông tin từ các hợp đồng gia công mà công ty con thực hiện với các bên không có quan hệ liên kết khác để làm cơ sở cho việc áp dụng phương pháp giá phí cộng thêm khi định giá cho các nghiệp vụ chuyển giao trong nội bộ MNC này.
Phương pháp này thường được áp dụng trong trường hợp hai phương pháp nêu trên tỏ ra không hiệu quả, được sử dụng trong các trường hợp sau:
- Đối với công ty sản xuất, chế biến, lắp ráp, chế tạo và bán cho các bên liên doanh liên kết, gia công chế biến sản phẩm và phân phối.
- Giao dịch giữa các bên liên kết thực hiện hợp đồng liên doanh, hợp đồng hợp tác kinh doanh để sản xuất, lắp ráp, chế tạo, chế biến sản phẩm, hoặc thực hiện các thoả thuận về cung cấp các yếu tố đầu vào và bao tiêu sản phẩm đầu ra.
- Giao dịch cung cấp dịch vụ cho các bên liên kết.